房间隔缺损的鉴别诊断之一就是较大的室间隔缺损，再就是要和特发性肺动脉高压进行鉴别诊断，还包括部分肺静脉畸形以及瓣膜型单纯肺动脉口狭窄。

1.较大的室间隔缺损：比较大的室间隔缺损左心室到右心室的分流量很大，所以心电图表现和房间隔缺损极为相似，很有可能会造成误诊。室间隔缺损的心脏听诊杂音位置是比较低的，而且左心室通常会有增大的情况，可以通过这一点和房间隔缺损进行鉴别，小儿患者在不易鉴别时可以做右心导管检查，以便明确诊断。

2.特发性肺动脉高压：特发性肺动脉高压的体征、心电图检查结果和X线检查结果都与房间隔缺损相似，不过如果做心导管检查会发现肺动脉压有明显增高的现象，但并没有左心房向右心房分流的证据，通过这一点可以和房间隔缺损进行鉴别。

3.部分肺静脉畸形：部分肺静脉畸形伴血流动力学改变和房间隔缺损有着很多相似之处，如果是右侧肺静脉畸形引流入右心房通常和房间隔缺损同时存在。做胸部X线体层检查会发现畸形肺静脉的阴影，做右心导管检查有助于更好地鉴别和诊断病情。

4.瓣膜型单纯肺动脉口狭窄：瓣膜型单纯肺动脉口狭窄的体征、心电图的表现和X线的表现都与房间隔缺损有着很多相同的地方，在鉴别诊断时可能会有一定的困难。不过瓣膜型单纯肺动脉口狭窄发病的时候杂音是比较响的，房间隔缺损的杂音比较低沉一些。如果做超声心电图检查会发现肺动脉瓣异常，通过右心导管检查能够对疾病进行确诊。