DBS手术的关键是准确定位刺激靶点，除了必要的影像学及立体定向行解剖靶点定位外，还需要生理定位，这样可以通过植入电极阻抗的变化、不同脑组织微电极记录生物信号的不同来辨别脑部电极的精确位置。术中可通过微电极或电极的刺激来了解被刺激部位所在区域和电极位置的关系。