肺结核与肺真菌病的鉴别方法主要有以下几点：1、肺真菌病患者主要是慢性消耗性、免疫力低下或长期使用免疫抑制剂的患者；而肺结核也可出现在这类人群身上，但是肺结核患者有结核病患者的接触史；2、肺真菌病患者起病比较急，病情比较重；肺结核是一个慢性疾病，会出现结核中毒的症状，如发热、咳嗽、咳痰、咳血；3、治疗方面，肺真菌病主要是抗真菌治疗；肺结核治疗主要是抗痨、抗结核治疗。