月经不调且右侧卵巢有囊肿，可能是由于卵巢功能异常，内分泌失调而导致引起。卵巢囊肿通常分为生理性和病理性，所以会影响到月经的变化。建议患者月经干净后，进行B超复查，观察接下个月月经的变化，看是否规律；待囊肿消失，就可以确定是哪种卵巢囊肿，再针对性地治疗。