内异症患者不孕率高达40％ 。引起不孕的原因复杂，如盆腔微环境改变影响精卵结合及运送、免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加而破坏子宫内膜正常代谢及生理功能、卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良等。此外，未破裂卵泡黄素化综合征在内异症患者中具有较高的发病率。中、重度患者可因卵巢、输卵管周围粘连而影响受精卵运输。若正常性生活未避孕1年未孕，应做输卵管通畅度检查、排卵监测、男方精液检查等，明确不孕原因，再做相应治疗。

子宫内膜异位症不怀孕靠单纯药物治疗不能改善生育状况，复发率高，只能缓解症状，一般主张手术和药物配合治疗。首先在腹腔镜直视下明确病灶范围及性质，分离粘连，不仅创伤小、痛苦少、恢复快，手术后配合药物进行综合调理然后在医生指导下进行受孕，妊娠率可高达80％。