晚期先天梅毒多发生在儿童及青春期，患儿有梅毒齿、实质性角膜炎及神经性耳聋三联征，具特征性。皮肤粘膜损害与后天三期梅毒相似，还可出现骨膜炎，肝脾肿大等活动性损害。

晚期先天梅毒的特点是多在2岁以后发病，到13一14岁才有多种症状相继出现。晚发症状可于20岁左右出现，与晚期后天梅毒基本相似，绝大部分为无症状感染，其中以角膜、骨和神经系统损害最为重要。l 晦床上可见活动性损害及标记性损害两种，后者为早期活动性梅毒损害所遗留的永久性标记，可以终生存在，具有特征性，在活动性损害早已消失后，有助于先天梅毒的诊断。