晚期先天梅毒多发生在儿童及青春期，患儿有梅毒齿(半月形门齿)、实质性角膜炎及神经性耳聋三联征，具特征性。皮肤粘膜损害与后天三期梅毒相似，还可出现骨膜炎，肝脾肿大等活动性损害。

晚期先天性梅毒是指孕妇体内的梅毒螺旋体通过胎盘经血直接传染给胎儿，2岁之后才发病的先天性梅毒感染。一般在5-8岁开始发病，到13-14岁才有多种症状相继出现，晚发症状可于20岁左右才发生 。妊娠梅毒可通过胎盘传染胎儿，由于妊娠梅毒的胎盘血管梗阻，影响胎儿营养，虽足月分娩，但约有64.5％胎儿已感染梅毒，发生先天梅毒，其中有80％~85％为晚期先天梅毒。