肛瘘治疗的最佳方法还是外科治疗，一般选择扩大外口引流，处理窦道和内瘘口，后期每日温水坐浴，热敷和理疗，全身应用适宜的抗菌药物，保持大便通畅。如果患儿腹泻可以给口服益生菌和蒙脱石散，进行对症的处理及治疗。一定要保持大便通畅，避免腹泻以防这种肛瘘反复发生，部分病例可治愈。一般发病六到十二个月的慢性的肛瘘，应选择手术治疗，治疗分为瘘管切除术和挂线术。注意肛门卫生，勤洗勤换内衣内裤。