三个月宝宝发烧39度属于高热，可能由疫苗接种反应、包裹过厚、呼吸道感染、尿路感染等原因引起，需及时就医。

1、疫苗反应

接种疫苗后可能出现发热，通常无需特殊用药，家长需减少衣物并密切观察体温变化。

2、包裹过厚

穿衣过多导致散热受阻引发发热，家长需解开包被调节室温，通过物理方式帮助宝宝降温。

3、呼吸道感染

病毒或细菌感染肺部引起发热咳嗽，常伴呼吸急促，须由医生评估后开具对症药物进行治疗。

4、尿路感染

细菌侵入泌尿系统导致高热哭闹，可能伴有排尿异常，需经检查确诊后遵医嘱使用抗生素。

家长应保持室内通风，给宝宝适量喂水或母乳，避免自行用药，若持续高热不退请立即前往医院就诊。