珍珠疹和扁平疣的区别主要体现在病因、好发部位、形态特征及传染性等方面，珍珠疹是良性生理变异而扁平疣是人乳头瘤病毒感染所致。

1. 病因：

珍珠疹属于阴茎冠状沟正常腺体增生，无明确病理性原因；扁平疣由HPV-3、HPV-10等亚型病毒感染引起，具有明确传染性。

2. 部位：

珍珠疹仅发生于男性阴茎冠状沟边缘，呈环形排列；扁平疣可出现在面部、手背等暴露部位，分布无规律性。

3. 形态：

珍珠疹表现为直径1-2毫米的半透明丘疹，表面光滑；扁平疣为肤色或褐色扁平丘疹，表面粗糙并可出现Koebner现象。

4. 传染：

珍珠疹无传染性且终生稳定存在；扁平疣可通过皮肤接触传染，可能持续增多或自行消退。

二者均无需特殊治疗，若扁平疣影响生活可采用冷冻或激光处理，日常需避免抓挠防止病毒扩散。