首先是视诊，采取检查体位为侧卧位，看是否有破溃口或者周围有炎性增生。第二是指诊，沿外口往肛门摸是否有管道，做内指诊，肛腺在肛门里1.5到2公分处，摸肛腺有无硬结。肛瘘还有其他检查方法，用探针检测管道，还有B超和核磁，这几项最后能确诊为肛瘘。
