肝癌的介入治疗相对于手术肝移植、化疗、放疗来说安全性要高，副作用要低，但是即使如此肝癌的介入治疗也有它特定的一些副作用。常见的有局部的穿刺的失败出血、动静脉瘘、药物灌注产生的药物毒性、肝功能损伤、药物过敏甚至过敏性休克、疼痛等。 另外一些肝动静脉瘘的病人实行肝癌介入治疗有可能出现栓塞，或者是化疗药物大量的进入全身导致了病人的严重的血液、骨髓抑制造成肝肾功能的严重损伤。
