单纯性肛瘘不及时治疗会导致复杂性肛瘘,最终形成很多管的肛瘘。术时瘘管闭合,无法分辨瘘管与瘢痕,导致复发。或者由于抵抗力下降而感染形成脓包,导致破溃、流脓形成瘘管,然后又导致肛瘘,以上这些严格意义上都不算做复发。