根据病人的情况抗生素选择有所不同，如果病人有青霉素的过敏，就不选择口服青霉素的治疗，而选择其他类型的抗生素进行治疗。如果病人长期使用甲硝唑或替硝唑治疗其他疾病，它的耐药率会很高，所以不选择甲硝唑或者是替硝唑进行治疗。同时还可以选择进行组织的细菌检测、耐药性的检测进行评估，建议病人选择哪些药物进行相关的治疗。在根除幽门螺杆菌的时候，也要注意让病人饮食上控制一些，尽量别吃辛辣刺激、油大、油腻的食物。
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