乙型肝炎和丙型肝炎都可以引起肾脏疾病。乙型肝炎可以引起膜性肾小球肾炎、结节性多动脉炎、小管间质性肾炎。丙型肝炎可以引起膜性增生性肾小球肾炎、冷球蛋白血症和糖尿病。病毒性肝炎也可以影响到肾病患者的预后。例如：肝硬化、肝细胞癌、肾移植后的肝炎发作和胆汁淤积性肝炎等都可以加重原有的肾脏疾病。

伴有肾病的乙型肝炎和丙型肝炎在治疗的管理上有其特殊性。这些患者肾脏的耐受性差，药物可能更容易损伤到肾脏，治疗药物的剂量可能需要调整，药物的疗效可能降低，有些药物(如干扰素)在肾移植术后的患者中不能使用等。

抗乙型肝炎病毒药物中，阿德福韦和替诺福韦有剂量依赖的肾毒性，可以引起肾小管功能障碍。因此，在治疗期间监测血清肌酐和血磷是非常重要的。阿德福韦引起的肾损害是可逆的。减少剂量后76.47%的患者肾功能改善，停用阿德福韦后100%的患者肾功能改善。

在亚洲，10%以上的终末期肾病患者感染乙型肝炎。这些患者有较高的乙型肝炎再活动和突然加重的风险。拉米夫定可明显减少这些患者乙型肝炎再活动和加重的风险。

在慢性肾病患者中，由于医院内感染，丙型肝炎抗体阳性率在3%～80%不等。由于不能使用干扰素，合并肾病的丙型肝炎患者治疗是困难的。因此，丙型肝炎感染的肾移植患者存活率比未感染的患者明显降低。