月经期有卵巢囊肿是生理性的，不会对健康造成太大的影响，一般不严重。

卵巢囊肿是指卵巢表面或内部出现的含有液态或固态物质的囊状结构，可分为生理性囊肿和病理性囊肿。生理性卵巢囊肿一般发生在正常育龄女性的月经周期中，可能是由于成熟卵泡未及时破裂所导致的，这种生理性的卵巢囊肿一般不需要特殊的治疗，会在2-3个月经周期后自行消失，所以一般不严重。而病理性卵巢囊肿可能是由于精神压力过大、经常性熬夜、饮食不规律、乱用激素类药物等原因导致，一般不会随着月经的结束而消退，通常需要遵医嘱服用扶正桂枝丸、桂枝茯苓胶囊等药物进行治疗，严重时还需要采取手术治疗，这种一般是比较严重的。

需要注意的是，生理性的卵巢囊肿患者在经期应该注意避免进行剧烈运动，注意生殖器卫生，避免有过大的心理压力、避免情绪过于激动。