慢性肠炎的诊断是根据病人的病程反复发作，便秘与腹泻交替，便中含有粘液及血丝等临床表现，再结合临床检查即可确诊。检查指诊可以触摸到直肠粘膜，弹性减弱，触手成颗粒状突起，有斑痕，直肠镜检查粘膜水肿、肥厚，色黄白，被附粘液，擦去粘液可见个别部位有糜烂，需做细菌培养和组织活检，进一步确定病因。

根据临床腹泻量、次数增多，粪便稀薄，甚至水样便，伴有肠鸣，但无里急后重，营养障碍，结合有反复发作史或有慢性肠炎的病因存在，诊断一般不难。