泮托拉唑钠肠溶片在临床上最常见的副作用是头晕、头痛、失眠、嗜睡等，有的还会出现恶心、食欲不振、腹部不适、腹胀、腹泻、便秘等消化道症状，少部分可能会出现皮疹等过敏反应，但较少见。当大剂量服用时可能会引起肝功能的异常，会出现转氨酶的升高，当长期服药时可能会出现肾功能的异常，所以在服药期间要定期去医院复查肝、肾功能。