三个月宝宝打喷嚏咳嗽可能是由环境刺激、呼吸道感染、过敏反应、胃食管反流等原因引起，可通过调整环境、物理缓解、药物治疗、就医评估等方式处理。

1、环境刺激

冷空气、粉尘或干燥环境可能刺激宝宝鼻腔黏膜。建议家长保持室内湿度在50%-60%，避免使用香薰或烟雾，用温毛巾敷鼻部缓解喷嚏。

2、呼吸道感染

病毒性感冒或支气管炎可能导致咳嗽喷嚏。家长需监测体温，若伴随发热或呼吸急促应及时就医，医生可能开具小儿氨溴索口服溶液、生理盐水鼻喷剂等药物。

3、过敏反应

尘螨、宠物皮屑等过敏原易引发症状。家长需定期清洗床品，避免接触毛绒玩具，必要时在医生指导下使用氯雷他定糖浆等抗组胺药物。

4、胃食管反流

喂奶后平躺可能诱发反流性咳嗽。建议家长采用少量多次喂养，喂奶后竖抱拍嗝20分钟，医生可能建议使用铝碳酸镁混悬液保护胃黏膜。

三个月婴儿免疫系统脆弱，若咳嗽持续超过3天或出现拒奶、嗜睡等症状须立即儿科就诊，避免自行用药。