造成胚胎停止发育的原因是多方面的。一方面是胚胎本身的问题，另外一方面是孕妇的问题。胚胎的问题主要是胚胎的染色体异常，其中包括有染色体数目的异常和结构的异常。数目异常有三倍体或者是四倍体，结构的异常包括染色体的缺失等等。这种情况下就会导致胚胎停止发育。另外，当孕妇有一些全身性的疾病也会引起。其中，如果有比较严重的内科疾病，有心力衰竭或者是全身性的感染，体温比较高，那么这种情况会导致胚胎停止发育。
另外一种情况就是子宫的发育有异常，比如说双子宫或者是单角子宫等等。这样的子宫非常不利于胚胎在里面生长发育，从而导致胚胎停止发育这种现象的发生。另外，如果孕妇有甲状腺功能下降或者是比较严重的糖尿病也会导致。
