生殖器疱疹主要是由单纯疱疹病毒感染引起。单纯疱疹有单纯疱疹1型和单纯疱疹2型两个血清型。生殖器疱疹主要为单纯疱疹2型感染。疱疹病毒传播的途径主要有性接触传播、间接接触传播、母婴传播等，单纯疱疹病毒侵入机体后，首先在表皮角质形成细胞内复制，引起表皮内局灶性的炎症和坏死，出现原发性感染的临床表现或轻微的亚临床感染表现。当原发皮损消退后，残留的病毒长期潜存于神经节，机体抵抗力下降或某些诱发因素的作用下，可以使潜在的病毒激活而复发。
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