生殖器疱疹感染的患者，在无临床症状期和复发性生殖器疱疹患者的间歇期，都可以存在无症状排毒，仍然有传染性。在这个期间，病毒学检测不一定能完全检测出病毒DNA，对于性伴侣有传染的风险。感染了疱疹病毒以后，患者一般会有一周左右的潜伏期，1/3的患者会出现原发感染，表现出感冒的前期症状；2/3的患者不会表现症状而直接进入潜伏感染状态，进入潜伏感染状态以后，有些病人因为抵抗力好或其他原因，不会发生生殖器疱疹。有的患者免疫力低下就会发作生殖器疱疹。
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