两只耳朵疼痛可能由外耳道炎、中耳炎、颞颌关节紊乱、耳部神经痛等原因引起，需根据具体病因进行治疗。

1、外耳道炎

外耳道炎多由细菌感染或耳道进水导致，表现为耳痛、瘙痒或分泌物增多。治疗可使用氧氟沙星滴耳液、氯霉素滴耳液，严重时口服阿莫西林克拉维酸钾。保持耳道干燥，避免掏耳。

2、中耳炎

中耳炎常继发于感冒，伴随耳闷、听力下降。可能与肺炎链球菌感染有关，需使用头孢克洛分散片、阿奇霉素干混悬剂，配合呋麻滴鼻液缓解咽鼓管水肿。

3、颞颌关节紊乱

咀嚼硬物或磨牙可能导致颞颌关节压力传导至耳部，表现为开口弹响、耳周钝痛。可通过热敷、佩戴咬合板缓解，必要时使用布洛芬缓释胶囊镇痛。

4、耳部神经痛

三叉神经耳颞支受刺激时出现针刺样疼痛，可能与带状疱疹病毒感染有关。轻症用甲钴胺片营养神经，急性期可用加巴喷丁胶囊，疱疹需联合阿昔洛韦片。

注意避免噪音刺激，疼痛持续超过3天或伴随发热、眩晕时应尽快就诊耳鼻喉科，排除化脓性中耳炎等需紧急处理的疾病。