引起甲状腺功能亢进症的病因主要有两大类。一种是由于甲状腺本身由于各种原因出现的破坏，甲状腺激素释放而引起，如病毒感染后的亚急性甲状腺炎、细菌感染引起的化脓性甲状腺炎，自身免疫因素相关的桥本甲状腺炎。
另一大类是甲状腺本身出现的功能亢进，也就是一般甲亢，目前其发病机制还不是特别清楚，但研究发现可能与多种因素有关：在这类甲亢患者检查中会发现甲状腺相关抗体水平的升高，有时会发现特异性抗体水平的升高，而且部分患者会同时合并一些其他的自身免疫性疾病，所以认为与自身免疫因素有关。
许多患者因为周围环境污染或碘的含量多少变化因素引起甲状腺疾病。甲状腺患者有遗传易感性，所以认为与遗传因素也有关系。
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