甲状腺功能减退症的危害，根据其发病的程度，病史的长短，不完全一致。如果是轻度甲状腺功能异常，患者可能仅仅表现为轻微的乏力，怕冷，皮肤干燥和记忆力减退，经过正规治疗以后大多可以完全缓解。而如果病史比较长，或者激素水平下降比较明显，患者的症状可能会比较严重，出现明显的身体乏力，在记忆力下降减退基础上出现智力障碍，同时可能会累及心脏，出现心肌病变或心功能衰竭，严重时甚至会出现甲减昏迷，危及生命。
对特殊人群，会有更加明显的影响，如果是在婴幼儿时期出现甲状腺功能减退，并且没有进行及时的治疗，会影响其身高及智力的发育，出现呆小症。而如果是在孕期出现甲状腺功能减退，尤其是孕早期出现甲状腺功能减退，则会影响胎儿的神经系统发育，同时容易引起胎停，流产的风险增大。
