甲状腺功能减退症发生以后，大多需要进行正规的药物治疗，一方面要针对下降的甲状腺激素水平进行补充，或替代治疗，此时主要应用的是甲状腺激素制剂，包括动物源性的甲状腺激素合成的甲状腺激素制剂，要根据不同的情况来选择。
在治疗时，要注意用药后及时的复查，以免药物用量不足或过量，出现甲状腺功能减退症未治愈或药物性甲亢。对由于碘缺乏所引起的甲减，必要时同时应用碘剂进行纠正。同时由于甲减时代谢减慢，可能会出现一定程度的血脂异常，此时，需要适当的应用调节血脂的药物。而出现贫血时，大多需要补充叶酸和维生素b12。
甲减引起的某些并发症如甲减昏迷，还需要针对病因进行抗感染，并在必要时应用糖皮质激素进行干预治疗。
