临床上绝大部分的甲状腺结节是不能够自愈的，无论是没有明显原因的特发性甲状腺结节，还是由于甲状腺功能亢进或自身免疫性甲状腺炎所引起的，一般都不会自行消退。所以，对轻度的或比较小的甲状腺结节，如果不影响生活，没有明显的颈部压迫感，也没有呼吸困难或吞咽困难，一般不需要进行特殊治疗。
也有一些研究，发现某些中药以及硒制剂对甲状腺结节有一定作用，但并不特别肯定。当出现明显的症状时，如果需要进行治疗，可以考虑进行手术切除，如果评估甲状腺结节具有功能，也可以考虑放射碘治疗。
少数初发的甲状腺结节，此时实际上还并没有形成真正意义上的结节，这时候一部分患者的甲状腺结节会自行好转。
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