它的发病原因主要包括以下几个方面：
第一，先天性阴道闭锁或宫颈狭窄等，经血排出受阻，发病率比较高。
第二，医源性内膜种植，如剖宫产后腹壁瘢痕，或分娩后会阴切口出现内膜异位症，可能是手术时将子宫内膜带至切口直接种植，患者有多次宫腔手术操作，如人工流产，输卵管通液术等也不少见。
第三，子宫内膜也有可能通过淋巴及静脉向远处播散，发生了异位种植，也是子宫内膜异位种植学说的重要组成部分。
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