慢性肠炎的病因相对来说比较复杂，临床上大致分为两大类：第一就是感染性因素引起的慢性肠炎，这种感染也分为很多种，一种是感染了结核杆菌，临床上叫做肠结核，针对肠结核的治疗就可以恢复。
另外一种是感染了细菌，比如说痢疾杆菌引起的，那么就要针对抗感染治疗就可以好转。再有就是中国有些地方流行血吸虫病也可以引起肠炎，针对驱虫治疗也可以恢复。当然临床上感染还有病毒等，这一类都要划分为感染性的肠炎。对于非感染性肠炎，比如说肠道功能的紊乱，因为情绪不稳定或者是腹部着凉可引起的慢性肠炎，多半肠镜是正常的，通过对症处理，调节心情也可以很快恢复。
另外还有缺血性肠炎，因为肠道缺血引起慢性腹泻，这种情况下多伴有血便，通过改善供血也可以恢复。还有炎症性肠病，包括克罗恩病和溃疡性结肠炎，这两种情况是因为免疫因素引起，通过调节免疫治疗也可以恢复。所以慢性肠炎并不一定都是病，只要把病因搞清楚，有针对性治疗就可以很快恢复。
