第一就是口服肠道的粘膜保护剂促进黏膜修复，比如说蒙脱石散、美常安、苦参等药物可以补充肠道益生菌，改善肠道微生态的环境，提高肠道黏膜生物屏障功能，也可以促进肠道炎症的康复。
第二就是合并有感染，可以使用抗生素，症状比较轻的可以口服药物；病情比较重的还需要静脉使用抗生素；腹泻比较严重的病人要注意电解质紊乱，需要补充电解质、多喝水。
第三就是一些中药或者是中成药，对慢性肠炎有一定疗效。
第四就是一些病人效果不好，可以进行药物灌肠，比如西药灌肠剂，有美沙拉嗪等等；中药有复方黄柏叶，对慢性肠炎治疗有一定的疗效，简单而且方便。
第五就是其他的一些药物，需要根据患者的病情进行的具体的选择，比如说常用的磺胺类的药物，还有就是一些抗生素、抗病毒类的药物，要根据试敏和血培养的结果做出选择。
