肛门脓肿一般手术治疗最好，但具体手术措施需要结合病情选择。肛门脓肿说明病情已经发展的比较严重，手术治疗可以有效去除病灶组织，使肛周组织尽快恢复正常结构，避免病情二次复发。

大多数的肛门脓肿患者，都可以采取这种手术治疗方式。通过B超检查确定脓肿范围，手术前采取局部麻醉处理，然后将脓肿切开从而破坏内部脓肿，将脓液引流排净。为避免术后感染，通常需要配合抗生素治疗，并且定期进行创面清洁和换药。

如果脓肿范围比较大且病情比较复杂，选择分期手术治疗最好。一期手术主要是将脓肿切开，术后两个月待肛瘘病情稳定以后，可进行二期手术，对肛瘘管进行切除，从而根除病变组织，使肛周恢复正常。