口腔囊肿的治疗方法取决于囊肿的具体类型。软组织囊肿可进行刮除治疗，颌骨囊肿应根据病情选择刮除术、开窗减压术、截骨植骨术等手术方式。

若为口腔软组织囊肿，可根据囊肿大小选择局麻或全身麻醉，通过手术将囊肿完全去除。要确保将囊肿以及囊壁完整刮除，应沿着囊壁仔细剥离，直到整个囊壁被完整清除为止，防止病情复发。

颌骨囊肿以手术治疗为主，需根据病情选择具体的手术方式。如病情较轻，可选择刮除术，在囊肿外的正常组织内沿着囊肿包膜将囊肿完整去除。如囊肿体积较大，需进行开窗减压治疗，在囊肿表面开一个小孔，让其中的液体流出，囊肿也随之变小，缩小后再进行刮除或切除。部分囊肿体积过于巨大，造成下颌骨和上颌骨骨头破坏，甚至引起骨头断裂，需要刮除囊肿，并去除周围受影响的骨头，之后再进行自体骨移植修复，恢复上颌骨和下颌骨的正常形态。