做B超检查可以在超声下囊肿呈圆形或椭圆形，与周围特别是子宫粘连，囊壁厚而粗糙，囊内有细小的絮状光点，除了B超外还可以做盆腔的ct及磁共振，对卵巢巧克力囊肿的诊断具有诊断价值，但是费用相对来说比较昂贵。
另外还可以做血清CA125的测定。如果有卵巢巧克力囊肿的患者血清CA125的值会有一定程度的升高，卵巢巧克力囊肿虽然是良性疾病，却有增生，侵润，转移及复发等恶性行为。卵巢巧克力囊肿是25岁到45岁生育年龄女性最常见的疾病之一。
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