手术方式分以下几类：
第一类，保留生育功能的手术可以保留子宫，保留一侧或双侧的卵巢，至少保留部分的卵巢组织，适用于年轻有生育要求的患者，术后有一定的复发率，因此术后要尽早妊娠，或使用药物以减少复发。
第二类，保留卵巢功能的手术，保留至少一侧或部分卵巢，切除盆腔内的病灶及子宫，适用于三四期的患者，症状明显并且没有生理要求的，45岁以下的患者，术后复发率较低。
第三类，根治性的手术，将子宫，双附件及盆腔内所有的异位内膜病灶予以切除和清除，适用于45岁以上的重症患者，术后不用雌激素补充治疗的，几乎不复发，双侧卵巢切除术后，即使盆腔内残留部分异位内膜病灶也能逐渐自行萎缩，退化，直至消失。
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