巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流，经输卵管进入盆腔种植在卵巢表面，随着月经周期反复脱落出血，形成陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，粘稠如糊状似巧克力，因此得名为巧克力囊肿。
巧克力囊肿如果化验血清血CA125水平会有可能增高，重症的患者更为明显，但变化范围很大，临床上多用于重度的内膜异位症和已有深度异位症病灶的。在诊断早期内膜异位症时，腹腔液CA125值较血清更有意义。
但是CA125诊断其他疾病如卵巢癌，盆腔炎性疾病中也会出现增高，所以不是特异性的指标，诊断内膜异位症的敏感性和特异性相对较低。确诊卵巢巧克力囊肿，目前最公认的诊断方法是腹腔镜检查，在腹腔镜下可以对上述病灶进行组织检查以及手术治疗。
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