小手指关节肿大疼痛持续三个月可能由外伤后遗症、骨关节炎、类风湿关节炎、痛风性关节炎等原因引起，需结合具体症状和检查明确诊断。

1. 外伤后遗症

手指关节曾受撞击或扭伤可能导致慢性炎症，表现为局部肿胀和隐痛。可通过热敷、制动等保守治疗缓解，若持续不愈需排除韧带损伤。

2. 骨关节炎

关节软骨退化引发的退行性病变，常见于中老年人群。可能与长期劳损、肥胖等因素有关，通常伴随晨僵和活动受限。可遵医嘱使用双氯芬酸钠、氨基葡萄糖、塞来昔布等药物。

3. 类风湿关节炎

自身免疫性疾病易累及小关节，可能与遗传、感染等因素有关，特征为对称性肿痛和梭形肿胀。需进行抗CCP抗体检测，常用甲氨蝶呤、来氟米特、艾拉莫德等抗风湿药。

4. 痛风性关节炎

尿酸盐结晶沉积诱发炎症，常与高嘌呤饮食、代谢异常有关，表现为突发剧痛和皮肤发亮。需检测血尿酸水平，可选用非布司他、苯溴马隆、秋水仙碱等药物控制。

建议避免手指过度用力，适当补充富含维生素D和钙的食物如牛奶、鱼类，若肿胀加重或出现畸形应及时至风湿免疫科就诊。